Normaal zou deze missie in juni 1999 hebben plaats gevonden maar wegens een brandstofexplosie op de terreinen van de Jiuquan lanceerbasis werd de lancering uitgesteld tot november. Net als bij de Russische Soyuz ruimtetuigen bestaat de Shenzhou uit drie modules die van elkaar gekoppeld worden wanneer de missie er op zit en waarvan de middelste capsule met de bemanning moet terugkeren naar de Aarde.
De eerste Shenzhou ruimtecapsule die tijdens deze missie in de ruimte werd gebracht, beschikte niet zoals alle andere Shenzhou ruimtetuigen over openklapbare zonnepanelen. Binnenin de Shenzhou 1 capsule bevonden zich geen systemen die de Chinese astronauten normaal in leven moeten houden tijdens hun missie. De Chinese ingenieurs waren vooral benieuwd naar de resultaten van het hitteschild tijdens de terugkeer in de atmosfeer en hoe de drie modules zich van elkaar zouden koppelen aangezien dit nog nooit eerder door China in de ruimte getest werd. Uiteindelijk werd op 19 november deze eerste 7,6 ton zware Shenzhou ruimtecapsule in de ruimte gebracht van op het Jiuquan Satellite launch Center vanwaar later ook de bemande Shenzhou ruimtecapsules werden gelanceerd. Aan boord van dit ruimtetuig bevond zich dus geen ruimtevaarder maar wel 100 kilogram aan vegetarische zaden waarmee wetenschappers de gevolgen van gewichtloosheid onderzochten. Dankzij dit experiment konden de ingenieurs van de ruimtecapsule na de missie onderzoeken hoe de Shenzhou 1 zich gedragen had tijdens zijn ruimtereis indien de terugkeercapsule met succes zou landen op Aarde. Na de geslaagde lancering van de CZ-2F raket, die speciaal ontworpen werd voor het lanceren van deze ruimtetuigen, bevond de Shenzhou 1 zich in een baan om de Aarde op een hoogte van 195 en 315 kilometer. De vluchtleiding stelde vast dat het ruimtetuig zich zeer goed gedroeg wanneer het zich in de ruimte bevond. Hierdoor maakte de Shenzhou 1 met succes 14 omwentelingen om de Aarde waarna de drie modules zich loskoppelden van elkaar. De terugkeercapsule kreeg de opdracht, van een volgschip dat zich voor de kust van Namibië bevond, te beginnen aan zijn terugkeer naar de Aarde. De Shenzhou 1 terugkeercapsule maakte een probleemloze terugkeer in de atmosfeer en het tuig landde 21 uur en 11 minuten nadat het was gelanceerd op Mongolische grond. Hiermee zat de eerste onbemande Shenzhou testvlucht erop en bewees dit nieuwe ruimtetuig meteen al zijn kwaliteit.
